Целиноград облысының халықтық депутаттар кеңесiнiң 1991 жылдың 27 наурызындағы № 3/59 шешiмi негiзiнде 1991 жылдың 14 қарашасында Краснознаменка ауданының халықтық депутаттар кеңесiнiң орындау комитетi мекемелердiң жеке құрам құжаттарын орталықтандыра сақтау мақсатында Краснознаменка ауданы халықтық депутаттар кеңесi жанынан жеке құрам бойынша шаруашылық есепшi мұрағат ұйымдастырды. Жеке құрам бойынша шаруашылық есепшi мұрағаттың директоры болып Семен Тихонұлы Мирошниченко тағайындалды (1991 дылдың 14 қарашасындағы 10/180 шешiм).
Ақмола облысы әкiмшiлiгi басшысының 1992 жылдың 3 сәуiрiндегi № 17 «Облыс ұйымдарын, мекемелердi, кәсiпорындарды жекешелендiру және құжаттардың сақталуын қамтамасыз ету бойынша шара қолдану» шешiмiне сәйкес, Краснознаменка ауданы әкiмшiлiгi басшысының 1993 жылдың 8 қаңтарындағы № 2 шешiмiмен 1993 жылдың 1 қаңтарынан бастап орындау комитетiнiң жеке құрам бойынша шаруашылық мұрағаты аудандық мұрағат болып қайта өзгертiлiп, аудандық әкiмшiлiкке бағынды.
Қазақстан Республикасы Президентiнiң 1997 жылдың 14 қарашасындағы № 3759 «Ақмола облысының жеке әкiмшiлiк-территориалдық бiрлiктерiнiң атауын, транскрипцияларын өзгерту» жарлығымен Краснознаменка ауданы Егiндiкөл ауданы болып өзгертiлдi.
Краснознаменка ауданының мемлекеттiк мұрағаты алғашқы тiркеудi 1992 жылдың 29 маусымында (тiркеу куәлiгi сақталмаған), екiншi заңды тұлғаны қайта тiркеудi мемлекеттiк мұрағат 1999 жылдың 8 сәуiрiнде № 588-1902 өтiп , Ақмола облысының мұрағаттар мен құжаттамалар бөлiмiнiң «Егiндiкөл ауданының мемлекеттiк мұрағаты» мемлекеттiк мекемесi деп аталды.
Мұрағаттың құрылуынан бастап мұрағат құжаттары түрлi ғимараттарда сақталды (тұрғын үй мен мәдениет үйiнiң бөлмелерiнде).
Егiндiкөл ауданы әкiмдiгiнiң 2007 жылдың 5 ақпанындағы № а-2/15 «Ақмола облысының коммуналдық меншiктегi бөлмелердi қолданысқа беру» қаулысына сәйкес, Ақмола облысы әкiмдiгiнiң 2007 жылдың 11 сәуiрiндегi № А-4/124 «Ақмола облысының коммуналдық меншiк бөлмелерiн қабылдау» қаулысымен мемлекеттiк мұрағат өз балансына 177 кв. метр көлемiнде 4 кабинет және 3 мұрағаттық сақтау бөлмелерiн қабылдады.
Қазақстан Республикасының Азаматтық кодексiне, «Мемлекеттiк мүлiк туралы» Қазақстан Республикасының 2011 жылғы 1 наурыздағы және «Қазақстан Республикасының кейбiр заңнамалық актiлерiне мәдениет және тарихи-мәдени мұра мәселелерi бойынша өзгерiстер мен толықтырулар енгiзу туралы» 2015 жылғы 28 қазандағы заңдарына сәйкес, Ақмола облысы әкiмдiгiнiң 2016 жылғы 28 сәуiрдегi № А-6/197 қаулысымен Ақмола облысының мұрағаттар мен құжаттамалар басқармасының «Егiндiкөл ауданының мемлекеттiк мұрағаты» мемлекеттiк мекемесi Ақмола облысының архивтер мен құжаттамалар басқармасының «Егiндiкөл ауданының мемлекеттiк архивi» коммуналдық мекемесi деп аталды.
Ақмола облысы әкiмдiгiнiң 2019 жылғы 17 қаңтардағы № А-1/20 қаулысы негiзiнде Ақмола облысы архивтер мен құжаттамалар басқармасының "Егiндiкөл ауданының мемлекеттiк мұрағаты" КММ-сi Ақмола облысы мәдениет, архивтер және құжаттамалар басқармасының "Егiндiкөл ауданының мемлекеттiк мұрағаты" КММ-сi болып аты өзгертiлдi.
